各位讀者好奮勇向前,今天為大家?guī)?lái)一篇使用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)篩選增生性瘢痕治療藥物的高分文章不斷豐富,是由中國(guó)醫(yī)
學(xué)科學(xué)院團(tuán)隊(duì)2024年5月在The British journal of dermatology發(fā)表的,題為“Using network pharmacology to discover potential drugs for
hypertrophic scars"組建。揭示了增生性瘢痕的分子發(fā)病機(jī)制并篩選了有效治療藥物各有優勢。
增生性瘢痕是一種由成纖維細(xì)胞過(guò)度增殖引起的皮膚纖維化疾病,現(xiàn)有藥物治療效果不佳重要的意義。目前對(duì)增生性瘢痕藥物治療的研究主要集中在某些特定途徑持續,
且臨床常用藥物主要旨在減輕炎癥,但多數(shù)方法未能取得滿意效果,這可能是由于對(duì)瘢痕形成的復(fù)雜機(jī)制了解不足產品和服務,因此應用擴展,深入探索增生性瘢痕的發(fā)病機(jī)制,
尋找更有效的治療藥物迫在眉睫增多。近年來(lái)活動上,基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)發(fā)展迅速進一步推進,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)為利用這些數(shù)據(jù)提供了新途徑導向作用。
本研究旨在探索增生性瘢痕的分子發(fā)病機(jī)制并篩選有效治療藥物。利用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)等方法應用的選擇,找到與增生性瘢痕相關(guān)的基因模塊和
關(guān)鍵基因十大行動,篩選出候選治療藥物,通過(guò)多種實(shí)驗(yàn)方法背景下,如細(xì)胞培養(yǎng)綜合措施、動(dòng)物模型構(gòu)建等,對(duì)篩選出的藥物進(jìn)行驗(yàn)證自然條件,期望找到潛在的治療增生性瘢痕的藥物建言直達,
改善目前的治療現(xiàn)狀。最終發(fā)現(xiàn)克唑替尼將進一步、索拉非尼和SU11274可抑制人增生性瘢痕成纖維細(xì)胞增殖遷移和促纖維化基因表達(dá)充分發揮,并且克唑替尼在小鼠模型中
治療效guo最佳,同時(shí)發(fā)現(xiàn)ITGB1和TGF - β信號(hào)通路對(duì)瘢痕形成非常重要成就,說(shuō)明克唑替尼可能是潛在治療藥物重要方式。
研究框架:
1. 提出研究問(wèn)題
增生性瘢痕現(xiàn)有藥物治療效果不佳,為探索其分子發(fā)病機(jī)制并篩選有效治療藥物而開(kāi)展研究研究進展。
2. 構(gòu)建研究框架
從基因模塊入手無障礙,尋找與增生性瘢痕相關(guān)的基因模塊和關(guān)鍵基因,再基于這些結(jié)果篩選化合物快速融入,通過(guò)多種實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證潛在藥物的有效性認為。
3. 選擇研究方法
數(shù)據(jù)獲取與分析:利用NCBI Gene Expression Omnibus的增生性瘢痕轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),采用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)增強,計(jì)算模塊特征基因重要意義、基因顯
著性等。
富集分析:通過(guò)Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析更加廣闊,明確基因功能規劃。
蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)分析:選擇特定基因構(gòu)建網(wǎng)絡(luò),利用Connectivity Map數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)藥物可以使用。
分子對(duì)接:對(duì)篩選出的候選藥物與關(guān)鍵蛋白進(jìn)行分子對(duì)接進入當下。
實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證:包括細(xì)胞培養(yǎng)(人增生性瘢痕成纖維細(xì)胞)紮實、實(shí)時(shí)聚合酶鏈反應(yīng)、傷口愈合實(shí)驗(yàn)新體系、CCK8細(xì)胞增殖實(shí)驗(yàn)投入力度、蛋白質(zhì)印跡法以及小鼠實(shí)驗(yàn)等。
4. 分析數(shù)據(jù)
對(duì)體外和體內(nèi)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)采用方差分析和混合效應(yīng)模型進(jìn)行重復(fù)測(cè)量分析不難發現。
5. 得出結(jié)論
通過(guò)上述研究發(fā)現(xiàn)ITGB1和TGF - β信號(hào)通路對(duì)增生性瘢痕形成非常重要法治力量,克唑替尼可作為潛在治療藥物。
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